هیئت امنا به‌عنوان عالی‌ترین رکن مؤسسه مرکب از حداقل هفت نفر شخص حقیقی یا حقوقی از سوی رهبر معظم انقلاب اسلامی و برای مدت ۵ سال منصوب می شود . تبصره ۱- هیات امنا از بین خودشان یک نفر را به‌عنوان رییس و یک نفر را به‌عنوان نائب رئیس و یک نفر را به‌عنوان دبیر برای مدت یک‌سال انتخاب می‌نماید. تبصره ۲- هیئت‌امنا حداقل هر ۳ ماه یک‌بار به دعوت رئیس یا نایب‌رئیس آن تشکیل جلسه می‌دهد .در صورت لزوم جلسات اضطراری به درخواست هیئت امنا یا سه نفر از اعضا تشکیل خواهد شد. جلسات با حضور اکثریت اعضا رسمیت یافته و تصمیمات با رای موافق اکثریت اعضاء حاضر در جلسه تصویب می شود.
وظایف و اختیارات هیئت امناء:
تصویب آیین‌نامه داخلی هیئت امنا
تصویب اسناد راهبردی و برنامه‌های میان‌مدت و بلندمدت
بررسی و تصویب برنامه و بودجه سالانه و گزارش تفریغ بودجه مؤسسه
پیشنهاد تغییرات در اساس‌نامه و ترمیم هیات امنا به دفتر مقام معظم رهبری
پیشنهاد نصب و عزل رییس مؤسسه به دفتر مقام معظم رهبری
