1. تصویب آیین‌نامه داخلی هیئت امنا
2. تصویب اسناد راهبردی و برنامه‌های میان‌مدت و بلندمدت
3. بررسی و تصویب برنامه و بودجه سالانه و گزارش تفریغ بودجه مؤسسه
4. پیشنهاد تغییرات در اساس‌نامه و ترمیم هیات امنا به دفتر مقام معظم رهبری
5.پیشنهاد نصب و عزل رییس مؤسسه به دفتر مقام معظم رهبری
6. تصویب آیین‌نامه‌های مالی، معاملاتی ،اداری ،استخدامی
7. تصویب تاسیس، توسعه یا انحلال شعبه‌های مؤسسه و مراکز آموزشی تحقیقاتی و علمی تابع آن
8. بررسی و تصویب کلیات رشته‌های آموزشی و سیاست‌های پژوهشی
9. تصویب سیاست‌های پذیرش طلاب
10. ارزیابی عملکرد کلی مؤسسه و بررسی گزارش عملکرد آن که از طرف رییس مؤسسه ارائه می‌شود و ارسال آن به دفتر مقام معظم رهبری
11. نظارت بر حسن اجرای مصوبات هیات امنا
12. سائر امور اجرایی از سوی دفتر مقام معظم رهبری
در اجرای ماده 5 اساس‌نامه موسسه عالی فقه علوم اسلامی، مقام معظم رهبری مدظله العالی به شرح زیر است:
