مرکز عالی پژوهشی
فارغ التحصیلان با اتمام دوره ۵ ساله تخصصی که شامل یک مقطع سه ساله آموزشی – پژوهشی و یک مقطع دوساله پژوهشی است، در«مرکز عالی پژوهشی» پذیرش می‌شوند و در مدت دو سال توانایی انجام پژوهش‌های ناظر به تولید علم و نظریه را در خود به فعلیت می رسانند. پژوهش‌ها در مرکز پژوهشی عمدتاً بر بحث و تحقیق در مباحث نوظهور فقهیِ مرتبط با رشتۀ تخصصی که در فقه متعارف دارای سابقه نیست مانند بورس، بیمه و بانک در رشته فقه اقتصاد، متمرکز خواهد بود.
پژوهشگران، با هدایت اساتید مبرّز، در موضوعات تعیین شده پژوهش می نمایند و نتایج آن را در جلسات مشترک به نقد و بررسی می‌گذارند.
ریاست مرکزعالی پژوهشی با آیت‌الله محمدعلی مدرسی یزدی، استاد خارج فقه و اصول و عضو فعال هیئت امنای موسسه عالی فقه و علوم اسلامی است.
پژوهشگاه فقه معاصر
بر اساس هدف موسسه عالی فقه و علوم اسلامی که تربیت اندیشمندان دارای توانایی تولید علم و نظریه در عرصۀ فقه های تخصصی است «پژوهشگاه فقه معاصر» با هدف فراهم کردن شرایط کار عمیق علمی برای فارغ التحصیلان ممتاز مرکز عالی پژوهشی تاسیس خواهد شد تا پژوهشگرانی که به توانایی تولید علم و نظریه دست یافته‌اند به پژوهش پیرامون معضلات فقهی نظام اجرایی و مدیریتی ج اسلامی ایران در بخش‌های مختلف پرداخته و نظریات راهگشا ارائه کنند. مسائل و موضوع‌های تخصصی مورد پژوهش در هسته‌ها، بر نیازهای فقهی نظام اسلامی و نهادهای سیاسی، اقتصادی و اجتماعی متمرکز بوده و در ارتباط مستقیم با نهادهای حاکمیتی نظام تعریف خواهد شد.
